A csekkes befizetés a többi befizetési móddal összehasonlítva a csekk típusának függvényében (Biankó-, Félbiankó-, Neptunos csekk) több adminisztratív kötelezettséget róhat az intézményre. A modul fejlesztése során természetesen igyekeztünk úgy kialakítani a rendszert, hogy a különböző munkafolyamatok minél nagyobb részét automatizáltan lehessen kezelni.

A Neptun.Net rendszer lehetővé teszi a rendszerből nyomtatott csekkek és „idegen”, nem a rendszerből származó csekkek kezelését is. Neptunos csekk nyomtatásakor a csekkre a rendszer egy egyedi, 24 számjegyből álló azonosítót nyomtat a posta által meghatározott helyre, és ez alapján történik a csekk automatikus beazonosítása. Amennyiben az intézmény szerződést köt a postával, akkor a rendszer képes automatikusan, a posta által visszaküldött fájl segítségével feldolgozni az intézményi csekkforgalmat. 

Amennyiben az intézmény nem használja a postai fájl beolvasás funkciót, mivel nincs szerződése a postával, akkor a rendszer lehetővé teszi, hogy a csekket a nyomdában rányomtatott nyolc számjegyű azonosító segítségével lehessen rögzíteni a rendszerben.

A könnyebb és automatizált ügyintézés érdekében az intézményi adminisztrátorokon kívül, a hallgatók is rögzíthetik a csekkjeiket az azonosítók segítségével.

A Neptunon belül háromféle csekk nyomtatására van lehetőség:

• Neptunos csekk nyomtatásánál minden ugyanúgy történik, mint a Félbiankó csekk esetében, csak a nyomtatáskor a hallgató neve és az összeg is rákerül a csekkre, továbbá ekkor össze is rendelődik az adatbázisban a csekkre nyomtatott azonosító a hallgatóval. Neptunos csekk esetében egyáltalán nincs szükség kézi összerendelésre, de a postai fájl betöltéséig itt is van lehetősége az intézményi adminisztrátoroknak a befizetés logikai igazolására.

• Félbiankó csekk nyomtatásánál a csekkre nyomtatott 24 számjegyből álló azonosító segítségével megállapítható a rendszerben a hozzátartozó befizetési pénzügyi kód.
A postai fájl betöltését követően a befizetett csekket a postai fájlban szereplő összeggel teljesítettnek tekinti a rendszer. Ebben az esetben, mivel ismert a pénzügyi kód, ezért ismert a főkönyvi szám és a tételszám is ezek a pénzügyi kód rendszerben már rögzített paraméterei, és ebben az esetben a tranzakció már feladható a gazdasági rendszer felé. A hibák elkerülése érdekében a csekkre opcionálisan rányomtatható még a befizetendő összeg is. Félbiankó csekk és a befizető hallgató összerendelését az adminisztrátor képes elvégezni a postai fájl betöltése előtt vagy után, illetve a hallgató is megteheti ezt az internetes felületen keresztül, de ő csak a postai fájl betöltése után. Ha például egy rövidesen aktuális vizsgaidőpont miatt a postai fájl betöltése előtt szeretné a hallgató igazoltatni a csekket, akkor ezt csak az intézményi adminisztrátor közreműködésével teheti meg. Ebben az esetben a rendszer a csekket logikailag igazoltnak tekinti, de a pénzügyi igazolásként szolgáló postai fájl betöltéséig a befizetést a Neptun.Net nem adja fel a gazdasági rendszer felé.  

• Biankó csekk esetén a csekken az egyedi, nyolcjegyű azonosítóján kívül csak az intézmény számlaszáma szerepel. Biankó csekk és a befizető hallgató összerendelését elvégezheti a hallgató az interneten keresztül, vagy az adminisztrátorok a postai azonosító segítségével. 

Előnyök a csekkes befizetéssel kapcsolatban:

• A Neptun.Net-ben a csekkes befizetés választása esetén is minimális adminisztráció szükséges a befizetések kezeléséhez.

• A hallgatók által az internetről is intézhető a csekkes befizetésekhez.