Annak érdekében, hogy az intézmények számára tovább csökkentsük a gyűjtőszámlás befizetések átfutási idejét és a felmerülő költségeket, valamint teljesen automatikussá tegyük a más befizetési módoknál előforduló túlfizetések kezelését, kifejlesztettük a virtuális gyűjtőszámlát, melynek segítségével kereskedelmi bank közreműködése nélkül, közvetlenül a kincstári számlára utalnak a hallgatók. A hallgatóknak csak annyi a feladata, hogy az utalás közlemény rovatába beírják a Neptun kódjukat, ily módon lehetséges az ilyen típusú utalások gazdasági rendszer általi beazonosítása, és egy speciális főkönyvi számra való könyvelése (ez maga a Virtuális Gyűjtőszámla). 

A virtuális gyűjtőszámla használata magas szintű együttműködést kíván meg a Neptun.Net és az intézményben használt gazdasági rendszer között, mely a szabványosított, XML-alapú kommunikációnak köszönhetően bármilyen gazdasági rendszerrel kialakítható. 

A hallgatók által elutalt összegek közvetlenül az intézmény kincstári számlájára kerülnek, ezután a gazdasági rendszer átadja az adatokat a Neptun.Net-nek, amely beazonosítja az utalás közleménye alapján a befizetőt, és nyilvántartja a hallgató egyenlegét. Ezután amikor a hallgató befizetést kezdeményez, akkor a Neptun.Net feladja a gazdasági rendszer felé, hogy az a speciális főkönyvi számról a milyen főkönyvi számra könyvelje át a kérdéses összeget.

Túlfizetések esetén a Neptun.Net jelzi a gazdasági rendszernek, hogy virtuális gyűjtőszámláról milyen főkönyvi számról könyveljen át, és mekkora összeget a virtuális gyűjtőszámlára, és a Neptun.Net a hallgató egyenlegében a kérdéses összeget automatikusan jóváírja. 

A virtuális gyűjtőszámla használata a hallgatók és az adminisztrátorok megegyezik a normál gyűjtőszámlával. 

A Virtuális Gyűjtőszámla előnyei:

• Csökkenti a befizetések átfutási idejét.

• A tranzakciók az intézmény számára semmilyen költséget nem jelentenek.

• Használta a túlfizetések és a hibásan kiírt tételek hibajavítását magas szinten automatizálja.