Magyarországon a 2001. évi XXXV. törvény hatályba lépése óta lehet elektronikusan aláírt dokumentumokat kibocsátani, és 2004. május elseje, az Európai Unióhoz való csatlakozás óta van lehetőség a papír alapúval egyenértékű elektronikus számla kiadására is.

A megfelelő biztonságú elektronikus aláírással és időbélyeggel ellátott dokumentumok ugyanolyan jogi felelősségvállalást tartalmaznak, mint az aláírt, lepecsételt papír alapú dokumentumok, de számtalan előnnyel rendelkeznek papír alapú társaikhoz képest. Az elektronikus aláírás segítségével nagy mennyiségű irat kiállítása és eljuttatása a címzetthez jelentős mértékben automatizálható, emellett nagymértékben csökkenthető az előállítási költség és idő, a hatékonyság növelése mellett.

A Neptun.Net rendszer tartalmaz egy tanúsított, és a Magyar Elektronikus Aláírás Szövetség (MELASZ) által is bevizsgált elektronikus aláíró modult.
Lehetőség van a papír alapú dokumentumok joghatást kiváltó elektronikus másolatának készítésére, az elektronikusan dokumentum egyidejű aláírására, illetve egy dokumentum több személy általi aláírására is. A fokozott biztonságú elektronikus aláírásnak és az időbélyegzésnek köszönhetően a kiadott dokumentumok jobban nyomon követhetők, mivel megállapítható, hogy egy-egy dokumentumot a hallgató mikor töltött le, illetve hogy pontosan mit töltött le.

Az integrált elektronikus aláírás előnyei:

• Gazdaságosabb működés a papír-, nyomtatási és postázási költségek csökkenése miatt.

• Hatékonyságnövelés, a dokumentumok átfutási idejének csökkentése.

• Átláthatóság növelése