A Neptun.Net -et nagyon sokféle felsőoktatási intézmény használja, ezért a rendszert úgy terveztük meg, hogy a különböző nagysággal és szervezeti felépítéssel bíró intézményekben az adott intézményi struktúrának és működési szabályzatnak megfelelően lehessen beállítani a jogosultsági rendszert.   A Neptun.Net  jogosultsági rendszere szerepkör alapú. Minden intézmény tetszőleges számú és funkcionalitású szerepkört definiálhat. A szerepköröknél külön-külön lehetőség van beállítani, hogy az ahhoz tartozó felhasználók mely adatokat látják, melyeket tudják módosítani, illetve milyen új adatot vehetnek fel. Az egyes felhasználókhoz tetszőleges számú szerepkör tartozhat. A jogosultságot a szerepkör, valamint a szervezeti egység összerendelés határozza meg, mely igény esetén további szintekre szűkíthető.

A jogosultsági rendszer segítségével egyszerűen beállítható például:

• Egy tanszéki adminisztrátor csak a saját tanszékének tárgyait módosíthatja, de láthatja az intézmény összes tárgyát és mintatantervét.

• Egy tanulmányi előadó láthatja és módosíthatja a hozzá tartozó képzésekre járó hallgatók összes adatát, míg a többi képzésre járó hallgató adataihoz csak korlátozottan, vagy egyáltalán nem férhet hozzá.

• Az intézmény vezetői láthatják az intézmény összes adatát, de nem módosíthatják azokat.

A testre szabható jogosultságkezelés előnyei:

• A különböző szerepkörök és az ahhoz kapcsolódó jogosultságok bármilyen intézményi struktúrának megfeleltethetőek.

• Minden szereplő csak azokat az adatokat látja, amelyek valóban szükségesek a munkájához, ami egyszerűsíti a munkát és csökkenti a hibák lehetőségét, valamint kizárja az információkkal való visszaélést.

• A jogosultsági rendszer tökéletesen összhangban van a lekérdezésekkel így mindenki csak az általa — legalább olvasásra — elérhető adatokra tud lekérdezést készíteni.